ゼロ (ZERO) （声優：風間勇刀）
伝説のレプリロイド、本シリーズの主人公。十の光る武具の一つ、ゼットセイバーを持つ。伝説の英雄エックスとは誰よりも強い絆で結ばれた親友同士である。妖精戦争後、100年にわたって封印されていた。シエルによって目覚めた後はレジスタンスに協力することとなる。ロックマンXシリーズのゼロとは同一人物であるが、風貌がかなり異なる（体の色が赤・白主体から赤・黒主体になった、声優も異なる）。これはそれぞれのシリーズにおける視点の違いに起因するものであり、本来の外見などは全く変わらないというのが公式の見解である[2]。パッシィ（サイバーエルフ）によって強引に眠りから覚めたゼロはその記憶の殆どを失っており、Xシリーズでの出来事をあまり覚えていない。そのためか性格がXシリーズよりもクール（無口）になっている（Z1では最終ステージ以外ではほとんど喋らない）。レジスタンスと打ち解けてきたのか、Z3以降はシエルを慰めるなど、口数が多くなっている。ネオ・アルカディアとの闘いの最中、その記憶を断片的に蘇らせていく事となる。Z3にて自身の体に関する秘密を知るが、彼の心は揺るがなかった。Z4終盤にて、ラグナロクと融合したバイルとともに大気圏へ突入、消息を絶っている。 『破壊神』『英雄』など、劇中でのゼロに対する認識、呼称は様々。当人はそれに縛られることなく最後まで自分が信じる者のために戦い続けた。
シエル (Ciel) （声優：田中理恵）
ネオ・アルカディアの優秀な科学者を産出する計画に基づき、遺伝子操作によって産まれた人間の少女。Z1の時点での年齢14歳。かつてはネオ・アルカディアに所属していたが、現在は処分を免れたレプリロイド達と共に生活し、レジスタンス活動を行っている。聡明で、多くのレプリロイド達から慕われている。
彼女がレプリロイドを救おうとする理由は、自分がエックスの代行として製作したコピーエックスのせいで、多くの無実のレプリロイドが処分されることになった責任からでもある。レプリロイドやサイバーエルフの研究を主としているが、エネルギー不足を解消する為の新システム「システマ・シエル (System-a-Ciel)」を開発したり、若いながらもレジスタンスの司令官を務めるなど、その才能は多岐にわたる。レジスタンスとして活動してはいるが争いを好んでおらず、科学の力による平和的解決を望んでいる。その為、強行派である新司令官エルピスとはしばしば意見が対立していた。ゼロには愛情にも似た感情を抱いている節がある。
セルヴォ (Cerveau)
レジスタンス一の技術者。さまざまな武器を開発して、ゼロに与える。武器開発に明け暮れるあまり、1週間近くもエネルゲン水晶の補給を忘れてしまうほどの熱中ぶりである。シエルに対し父親にも似た感情を持っており、シエルを影ながら支える功労者でもある。
アルエット (Alouette) （声優：広橋涼 - CDドラマ）
サイバーエルフの世話をしている女の子のレプリロイド。アルエットという名前はシエルにつけてもらった。シエルを尊敬しており、シエルに作ってもらったぬいぐるみを常に抱いている。将来はサイバーエルフを研究するのが夢。
オリジナルエックス (Original X) （Z1 - 3）（声優：水島大宙 - CDドラマ）
100年前、ゼロと共に戦った伝説の英雄。十の光る武具の一つ、エックスバスターを持っていた。ネオ・アルカディアの指導者でもあったが、自らのボディをダークエルフ封印のために差し出し、現在はサイバーエルフとなっている。ゼロ同様、旧シリーズとは風貌がかなり異なっており、さらに口調も変わっている（一人称が「俺」から「僕」になっているなど）。度々ゼロ達の前に現れ、僅かながらのサポートや助言を与えていた。しかし、Z3のエンディングで力を使い果たし、人間とレプリロイドの未来をゼロに任せ、サイバー空間へと去っていった。
コルボー (Colbor) （Z1、Z4）
レジスタンスのメンバー。通称「コルボー・チーム」のリーダー。行動的だが、おっちょこちょいな点が目立つ。Z4では、ネオ・アルカディア壊滅後の人間の救出作戦の現場指揮を取っていた。
アンドリュー (Andre) （Z1 - 3）（声優：西川幾雄 - CDドラマ）
レジスタンスに同行している。元はパン職人だったらしく、その前は船乗りや教師もしていた。昔人間の女性と恋仲となり彼女だけ老いていく事に心を痛め、シエルに嘆願して老人型に改造してもらった。封印される以前のゼロを知っていた節がある。ちなみに、あることをすると若返る。
四天王
翠緑の斬撃 賢将ハルピュイア (Harpuia) （Z1 - 3）（声優：緒方恵美）
エックスのデータを基盤として誕生した、ネオ・アルカディア四天王 (The Big Four) のリーダー格。十の光る武具の一つ、ソニックブレード（二刀流）を持つ。誇り高い性格で、エックスを政治面で補佐していた。「烈空軍団」を率いる。気象操作能力を持ち、レヴィアタンとの連携で、人間が生活できる環境を拡大するのが主な任務。
エックス（オリジナル、コピー含め）を崇拝し、人間を守る事を絶対としているが、コピーエックスの統治しているネオ・アルカディアの在り方に少なからず疑問を持っている節もある。コピーエックスの死後はネオ・アルカディアの指揮代行を務めていたが、コピーエックスMk2復権後、度重なる失態を指摘され、レヴィアタンやファーブニル共々幹部の座を追われてしまった。その後、バイルによってネオ・アルカディアが掌握されてしまった事から、人間たちを守るためにネオ・アルカディアと離別している。それ以降の足取りに関しては作中で明言されなかったが、後にスタッフインタビュー等で彼らのその後が語られている。初めはゼロをあらかさまに敵視していたが、彼との戦いを通してレジスタンスの考えも理解示すようになり、Z3でオメガに重傷を負わされて助けられたりと、ゼロとは互いにライバル関係にある。レヴィアタン曰く「キザぼうや」。名前の由来は、ギリシャ神話に登場する妖鳥ハーピーの別名。
蒼海の海神 妖将レヴィアタン (Leviathan) （Z1 - 3）（声優：今井由香）
四天王の紅一点で、水中戦が得意。十の光る武具の一つ、フロストジャベリンを持つ。「冥海軍団」を指揮する。部下は熱血漢が多い。性格はクールで結構きつい。ゼロと対峙して以来、彼に愛憎の入り混じったような執着心を抱き、感情的な振舞いが見られるようになる。ハルピュイアとの連携で対流圏操作を行い、人間の生存圏を再生する事が主な任務。「地上はホコリっぽい」という理由で水中に居ることが多い。名前の由来は、旧約聖書に登場する海の怪物レヴィアタン。
紅蓮の豪腕 闘将ファーブニル (Fefnir) （Z1 - 3）（声優：中井和哉）
四天王の一人で、対レジスタンス焦土作戦を執行する「塵炎軍団」のトップ。十の光る武具の一つ、ソドム&ゴモラ（マルチプルランチャー）を持つ。前線で戦うことを好む。常に己の強さに見合う好敵手に飢えており、事ある毎にハルピュイアを挑発しているが、これはファーブニルがハルピュイアの力を認めている事の表れである。ゼロに敗北した後は彼との決着に固執するようになる。自ら前線に立って戦う事を好むせいか、他の軍団に比べて所属レプリロイドが極端に少ない。レヴィアタン曰く「戦闘バカ」。名前の由来は、北欧神話やゲルマン神話に登場するファフニールの別名。武器のソドム&ゴモラとは、旧約聖書に出てくる天からの火で滅ぼされたという都市の名前である。
漆黒の幻影 隠将ファントム (Phantom) （Z1、Z3）（声優：稲田徹）
四天王の一人で、「斬影軍団」の頭領。十の光る武具の一つ、闇十文字（手裏剣）を持つ。隠密行動に長けている。四天王の中では温厚・寡黙な性格であるが故に、周囲から甘く見られている。が、エックスに対し絶対的な忠誠を誓っており、その存在を脅かす者には一片の情けもない。ゼロとの闘いで敗北し自爆するが魂は消滅せず、現在はサイバー空間に身を潜め、死してなおエックスを守護する。その世界で、ゼロの秘密を全て知り、サイバー空間で再開した際勝負を挑むが、「英雄としての魂は本物」とゼロを認めて去っていった。Z2で復活予定があり、アームドフェノメノンのデザイン画はZ3のヘルバット・シルトに酷似している。名前の由来は、西欧で亡霊・幽霊という意味を持つファントム。
ネオ・アルカディア
コピーエックス (Copy X) （Z1、Z3）（声優：今井由香）
伝説の英雄・エックス（のDNAデータ）をシエルがコピーしたもので、ネオ・アルカディアの指導者。エックスのコピーとは名ばかりで、オリジナルと異なり、自身が英雄で正義であると断言する、人間至上主義で高慢な性格。自称「オリジナルエックスの完全なるコピー」、「英雄」。戦闘時にはアルティメットアーマーに似た白いアーマーを装着する他、「シャイニングトランスフォーム」を発動する事で更に強力な戦闘形態へ変形する。尚、この形態はゼロシリーズ最初にして唯一の属性を持つラストボスである（雷属性）。
Z1でゼロに敗れるも、Z3ではドクターバイルがコピーエックスを改造した「コピーエックスMk2」として復活する。その際、言語回路（又は頭脳回路）に欠陥が生じたのか、台詞に「ギギ」という機械音が混じっている。再びネオ・アルカディアの指導者として君臨するも、バイルを無条件に信頼しているような言動を繰り返し、また人間を危険に晒す様な作戦も厭わなくなっているなど、バイルに都合の良い傀儡と化していた。その後再びゼロと対峙するも敗北。最期はバイルに仕掛けられた、シャイニングトランスフォームを発動した際に作動する罠によって自爆する。
ダークエルフ (Darkelf) （Z2 - 3）
イレギュラー戦争を終結させるべく、一人の科学者がΣウィルスをもとに開発した、レプリロイドの能力を格段に向上させるサイバーエルフ。本来は“マザーエルフ”という名称であったが、バイルによって改造・利用されていた。Z2で封印を解かれてからは各地を彷徨い、レジスタンスやネオ・アルカディアがその行方を追っていた。その後ネオ・アルカディアに回収され、バイルに再び利用されかけるも、最後にはバイルの呪いが解け、マザーエルフへと戻る事ができた。そのまま何処かへと飛び去っていき、以降姿を見せる事は無かった。
モンブラ こまひ レイク モミジ プルライフ 月の海峡 しおじ コメン フォール ショートケー ティーホル メーカー オートメ わかた ビーフ イザヤ ロストル フリース エイグ ススキ ヒーロー チフス シーズ レード サルト マンパ サイトむい パクチー せりか ゲート ちこり メナム ション ストッキン オフス イソップ シュボド マップ ノンフ スツール ハイパー ドミノ タシケ コダチア プレス バウンス スーパー リコリス ハラム ウチク
ベビーエルフ (Babyelf) （Z2 - 3）
ダークエルフの量産型コピー。アルエットによって「クリエ」（創造“Creer”）「プリエ」（祈り“Prier”）と名づけられる。クリエはエルピスが所持していたもの、プリエはデュシスの森でゼロが回収したものである。Z2の時点では赤ん坊の様に「ミー」や「ママ」といった簡単な単語しか喋れなかったが、Z3では会話が可能なレベルにまで成長している。その名称通り両者とも子供っぽく無邪気な性格で、マザーエルフに会いたいが為に善悪の区別もつかないままバイルに協力。新たな体と力を与えられゼロに襲い掛かったが、アンダーアルカディアでの戦いで敗北、消滅した。
バイル (Vile) （Z3 - 4）（声優：大塚周夫）
ネオ・アルカディアの悪の科学者。マザーエルフをダークエルフに、ゼロオリジナルボディをオメガに改造した張本人。妖精戦争を惹起した罪で冷酷な処罰（半レプリロイド化）を受け、ネオ・アルカディアを追放された過去を持つ。死ぬ事も許されず、戦争によって荒廃した世界をさまよった経験から、人間もレプリロイドも全て憎悪の対象となっている。Z3にてコピーエックスを復活させ、ネオ・アルカディアに復帰。彼を利用する事でネオ・アルカディアの支配者へと上り詰め、謀略の限りを尽くす。最終的には地球の軌道上に浮かぶ巨大衛星攻撃砲台「ラグナロク」を使い、外界の自然を全て破壊する事で、人間やレプリロイドに自分と同じ「永遠の苦しみ」を与えようと企んだ。しかし、ゼロによって追い詰められ、最後はラグナロクそのものと融合するもゼロに倒された。この際に生じたラグナロクの破片が、ゼクスシリーズに登場するモデルVの基となった。英語版においては発音にあわせ「Weill」とドイツ語表記される。Xシリーズの登場キャラであるVAVAの名称が海外版では「Vile」となっている事から、名称の被りを回避する為の措置と思われる。